Wymaz, posiew, antybiogram… Jak czytać wyniki badań mikrobiologicznych?

Wymaz, posiew i antybiogram należą do najczęściej wykonywanych badań mikrobiologicznych. Wynik może jednak zawierać wiele niezrozumiałych skrótów, nazw bakterii i grzybów, informacji o mechanizmach oporności oraz symboli S, I i R. Samo wykrycie drobnoustroju nie zawsze oznacza zakażenie, a wynik określony jako „flora fizjologiczna” nie musi być nieprawidłowy. Wyjaśniamy, jak czytać wyniki badań mikrobiologicznych, czym różnią się kolonizacja, zakażenie i zanieczyszczenie próbki oraz które drobnoustroje mogą wymagać szczególnej uwagi.

Czym jest badanie mikrobiologiczne?

Badanie mikrobiologiczne służy do wykrywania, identyfikowania i – w określonych sytuacjach – oceny wrażliwości drobnoustrojów na leki przeciwdrobnoustrojowe. Materiałem do badania mogą być między innymi:

• plwocina,
• wydzielina oskrzelowa,
• aspirat tchawiczy,
• popłuczyny oskrzelowo-pęcherzykowe, czyli BAL,
• wymaz z gardła, nosa, nosogardła lub jamy ustnej,
• wymaz z rany, skóry, ucha albo spojówki,
• mocz,
• kał,
• krew,
• płyn mózgowo-rdzeniowy,
• płyn opłucnowy, stawowy lub otrzewnowy,
• fragment tkanki,
• materiał śródoperacyjny,
• materiał pobrany z implantu, protezy lub cewnika.

Nie istnieje jeden uniwersalny „posiew na wszystkie drobnoustroje”. Sposób opracowania próbki zależy od rodzaju materiału i tego, czego poszukuje lekarz. Standardowy posiew bakteriologiczny nie wykrywa wszystkich grzybów, wirusów, pasożytów, prątków ani bakterii wymagających specjalnych warunków hodowli.

Dlatego na skierowaniu powinny znaleźć się istotne informacje kliniczne, na przykład:

• podejrzenie gruźlicy,
• podejrzenie zakażenia prątkami niegruźliczymi,
• podejrzenie zakażenia beztlenowcami,
• mukowiscydoza,
• rozstrzenia oskrzeli,
• pierwotna dyskineza rzęsek,
• immunosupresja,
• stan po transplantacji,
• podejrzenie zakażenia grzybiczego,
• wcześniejsze wykrycie drobnoustroju wielolekoopornego.

Informacje te mogą wpływać na dobór podłoży, temperaturę i czas inkubacji, sposób identyfikacji drobnoustrojów oraz zakres oznaczania wrażliwości na leki.

Co to jest wymaz?

Wymaz jest metodą pobrania materiału biologicznego za pomocą jałowej wymazówki, szczoteczki albo innego przeznaczonego do tego narzędzia. Końcówką wymazówki pociera się określone miejsce, aby zebrać znajdujące się tam komórki, wydzielinę i drobnoustroje.

Wymaz można pobrać między innymi z:

• gardła,
• migdałków,
• nosa lub nosogardła,
• jamy ustnej,
• ucha,
• spojówki,
• rany,
• skóry,
• cewki moczowej,
• szyjki macicy lub pochwy.

Pobrany materiał umieszcza się zazwyczaj w odpowiednim podłożu transportowym, które ogranicza wysychanie próbki i pomaga utrzymać żywotność drobnoustrojów do czasu dostarczenia jej do laboratorium.

Wymaz nie zawsze jest najlepszym materiałem

Wymaz pobiera przede wszystkim materiał z powierzchni. W przypadku głębokich ran, ropni albo zakażeń dolnych dróg oddechowych bardziej miarodajna może być próbka pobrana bezpośrednio z miejsca zakażenia, na przykład:

• aspirat z ropnia,
• fragment tkanki,
• materiał śródoperacyjny,
• wydzielina oskrzelowa,
• popłuczyny oskrzelowo-pęcherzykowe,
• płyn pobrany z jamy ciała.

Wymaz z powierzchni przewlekłej rany może wykazać bakterie kolonizujące skórę, które nie muszą odpowiadać za zakażenie głębiej położonych tkanek. Podobnie wymaz z gardła nie jest badaniem pozwalającym ustalić przyczynę zapalenia płuc.

Jak wygląda badanie mikrobiologiczne?

Klasyczne badanie mikrobiologiczne może obejmować kilka etapów.

Ocena próbki

Laboratorium sprawdza, czy materiał został właściwie opisany, zabezpieczony i dostarczony w odpowiednim czasie. W niektórych rodzajach próbek wykonywana jest również ocena mikroskopowa.

W preparacie z plwociny można oceniać między innymi obecność:

• leukocytów, czyli komórek związanych z reakcją zapalną,
• komórek nabłonka płaskiego, których duża liczba może sugerować znaczną domieszkę śliny,
• bakterii o określonej morfologii,
• drożdżaków,
• strzępek grzybów pleśniowych.

Ocena jakości plwociny ma znaczenie, ponieważ próbka składająca się głównie ze śliny może nie odzwierciedlać drobnoustrojów obecnych w dolnych drogach oddechowych.

W mukowiscydozie i niektórych innych przewlekłych chorobach układu oddechowego zasady przetwarzania materiału mogą być odmienne. Wydzielina jest często gęsta, niejednorodna i może zawierać kilka różnych patogenów lub kilka wariantów tego samego gatunku. Laboratorium może stosować homogenizację próbki oraz dodatkowe podłoża selektywne.

Posiew i hodowla

Materiał nanosi się na odpowiednio dobrane podłoża. Następnie umieszcza się je w warunkach umożliwiających wzrost poszukiwanych drobnoustrojów.

Nie wszystkie mikroorganizmy rosną w tym samym czasie. Część bakterii może wytworzyć widoczne kolonie w ciągu jednej lub dwóch dób. Grzyby pleśniowe, bakterie beztlenowe, prątki i inne drobnoustroje wymagające specjalnych warunków mogą potrzebować znacznie dłuższej inkubacji.

Identyfikacja drobnoustroju

Wyhodowane kolonie są identyfikowane. Współczesne laboratoria wykorzystują między innymi:

• ocenę wyglądu kolonii,
• barwienie metodą Grama,
• testy biochemiczne,
• automatyczne systemy identyfikacji,
• spektrometrię mas MALDI-TOF,
• metody molekularne,
• sekwencjonowanie wybranych fragmentów materiału genetycznego.

Wynik może określać drobnoustrój na poziomie rodzaju, gatunku, kompleksu gatunków albo – rzadziej – podgatunku. Dokładność oznaczenia zależy od zastosowanej metody oraz właściwości danego mikroorganizmu.

Ocena wrażliwości na leki

Jeżeli wyhodowany drobnoustrój może być klinicznie istotny i istnieją odpowiednie metody interpretacji, laboratorium wykonuje antybiogram lub antymykogram.

Nie każdy wykryty mikroorganizm wymaga takiego badania. Antybiogram może nie zostać wykonany, gdy:

• wyhodowano wyłącznie typową mikrobiotę danego miejsca,
• drobnoustrój został uznany za prawdopodobne zanieczyszczenie próbki,
• jego wrażliwość jest przewidywalna,
• dla danego gatunku i leku nie ustalono wiarygodnych wartości granicznych,
• badany lek nie jest zalecany do leczenia zakażeń wywołanych przez dany gatunek,
• drobnoustrój wymaga specjalistycznego oznaczania w laboratorium referencyjnym,
• nie uzyskano wzrostu wystarczającego do przeprowadzenia wiarygodnego badania.

Co to jest posiew?

Posiew jest metodą polegającą na naniesieniu materiału biologicznego na odpowiednie podłoża hodowlane. Celem jest umożliwienie wzrostu żywych drobnoustrojów oraz uzyskanie kolonii, które można następnie zidentyfikować.

Posiew pozwala między innymi:

• stwierdzić, czy w próbce znajdują się żywe bakterie lub grzyby zdolne do wzrostu w zastosowanych warunkach,
• wyodrębnić poszczególne drobnoustroje z mieszaniny,
• określić przybliżoną albo dokładną ilość mikroorganizmów,
• wykonać antybiogram lub antymykogram,
• porównać różne morfotypy tego samego gatunku.

Ujemny posiew nie wyklucza zakażenia. Drobnoustrój może nie zostać wyhodowany między innymi z powodu:

• wcześniejszego przyjmowania antybiotyku lub leku przeciwgrzybiczego,
• niewielkiej liczby mikroorganizmów w próbce,
• nieprawidłowego pobrania lub transportu materiału,
• nierównomiernego rozmieszczenia drobnoustrojów w wydzielinie,
• zbyt krótkiej inkubacji,
• braku odpowiedniego podłoża,
• szczególnych wymagań hodowlanych drobnoustroju,
• zakażenia wirusowego, którego standardowy posiew bakteriologiczny nie wykrywa.

Jakie są rodzaje posiewów?

Posiew bakteriologiczny

Służy przede wszystkim do wykrywania bakterii. Zakres badania zależy jednak od materiału i zastosowanych podłoży. Rutynowy posiew plwociny nie jest tym samym badaniem co posiew w kierunku prątków gruźlicy, bakterii beztlenowych, legionelli albo pałeczek krztuśca.

Posiew mykologiczny

Jest wykonywany w celu wykrywania drożdżaków i grzybów pleśniowych. Może wymagać innych podłoży i dłuższej inkubacji niż rutynowy posiew bakteriologiczny.

Samo wyhodowanie grzyba z materiału z dróg oddechowych nie zawsze oznacza grzybicę płuc. Konieczne jest rozróżnienie:

• przejściowej obecności zarodników,
• kolonizacji,
• uczulenia,
• choroby alergicznej,
• przewlekłego zakażenia,
• zakażenia inwazyjnego.

Posiew w kierunku prątków

Podejrzenie gruźlicy lub choroby wywołanej przez prątki niegruźlicze wymaga osobnego badania. Materiał jest odpowiednio przygotowywany i nanoszony na specjalne podłoża płynne lub stałe.

Prątki rosną wolniej niż typowe bakterie, dlatego ostateczny wynik może być dostępny po kilku tygodniach. W diagnostyce wykorzystuje się również:

• badanie mikroskopowe na obecność prątków kwasoopornych,
• testy molekularne wykrywające materiał genetyczny prątków,
• identyfikację gatunku lub kompleksu gatunków,
• oznaczanie lekowrażliwości.

Dodatni preparat mikroskopowy na obecność prątków kwasoopornych nie potwierdza samodzielnie gruźlicy. W preparacie mogą być widoczne zarówno prątki należące do Mycobacterium tuberculosis complex, jak i prątki niegruźlicze.

Posiew w kierunku bakterii beztlenowych

Bakterie beztlenowe wymagają ochrony przed tlenem już na etapie pobierania i transportu próbki. Zwykły wymaz powierzchniowy lub plwocina nie są zazwyczaj optymalnym materiałem do ich wykrywania.

Bardziej wartościowy może być:

• aspirat z ropnia,
• płyn z jamy ciała,
• fragment tkanki,
• materiał pobrany śródoperacyjnie.

Posiew ilościowy i półilościowy

W niektórych badaniach określa się liczbę jednostek tworzących kolonie, zapisywaną jako CFU/ml. W innych wynik jest półilościowy i opisuje wzrost jako:

• pojedynczy,
• skąpy,
• umiarkowany,
• liczny,
• obfity.

Znaczenie tych określeń zależy od rodzaju materiału. Tej samej liczby CFU/ml nie można interpretować jednakowo w moczu, plwocinie, wymazie z gardła, BAL i materiale pobranym z rany.

Posiew redukcyjny

Posiew redukcyjny jest techniką laboratoryjną polegającą na rozprowadzaniu materiału po kolejnych częściach podłoża w taki sposób, aby stopniowo zmniejszać liczbę nanoszonych komórek. Umożliwia to uzyskanie pojedynczych, odizolowanych kolonii potrzebnych do identyfikacji i dalszych badań.

Dla pacjenta określenie to ma zwykle mniejsze znaczenie niż informacja o tym, jaki materiał pobrano, co wyhodowano i w jakiej ilości.

Czy badanie PCR jest posiewem?

Nie. Testy PCR i inne metody molekularne wykrywają materiał genetyczny drobnoustroju. Mogą dać wynik znacznie szybciej i wykrywać mikroorganizmy, które trudno hodować.

Metoda molekularna nie zawsze potwierdza jednak obecność żywego drobnoustroju. Materiał genetyczny może przez pewien czas pozostawać w próbce również po obumarciu mikroorganizmu.

Badanie molekularne nie zawsze umożliwia także wykonanie pełnego antybiogramu. Niektóre testy wykrywają jedynie wybrane geny oporności, ale nie pokazują wszystkich możliwych mechanizmów niewrażliwości na leczenie.

Co to jest podłoże hodowlane?

Podłoże hodowlane, nazywane również pożywką, jest mieszaniną substancji umożliwiających wzrost drobnoustrojów. Może mieć postać płynną, półpłynną albo stałą, na przykład agaru na płytce Petriego.

W laboratoriach wykorzystuje się między innymi:

• podłoża podstawowe – umożliwiające wzrost wielu bakterii,
• podłoża wzbogacone – zawierające dodatkowe składniki potrzebne drobnoustrojom o większych wymaganiach,
• podłoża selektywne – ograniczające wzrost części mikroorganizmów i ułatwiające wykrycie określonych patogenów,
• podłoża różnicujące – umożliwiające wstępne odróżnienie drobnoustrojów na podstawie ich metabolizmu lub wyglądu kolonii,
• podłoża chromogenne – powodujące powstawanie kolonii o charakterystycznym zabarwieniu,
• podłoża transportowe – służące do zabezpieczenia materiału przed dostarczeniem do laboratorium.

W badaniach materiału od osób z mukowiscydozą potrzebne mogą być specjalne podłoża zwiększające szansę wykrycia między innymi bakterii należących do Burkholderia cepacia complex. Nie każde laboratorium stosujące rutynowy schemat badania plwociny wykorzystuje taki sam zestaw podłoży.

Co to jest antybiogram?

Antybiogram jest badaniem wrażliwości bakterii na leki przeciwbakteryjne. Jego celem jest ocena, czy określony lek ma odpowiednio dużą szansę zahamowania wzrostu wyizolowanego szczepu przy właściwym dawkowaniu i odpowiedniej ekspozycji.

Antybiogram nie jest listą leków, które pacjent może samodzielnie wybrać. Decyzja o terapii zależy również od:

• miejsca i ciężkości zakażenia,
• drogi podania leku,
• dawki i odstępów między dawkami,
• czasu trwania lub sposobu prowadzenia infuzji,
• zdolności antybiotyku do osiągania odpowiedniego stężenia w miejscu zakażenia,
• wieku i masy ciała pacjenta,
• czynności nerek i wątroby,
• alergii i wcześniejszych działań niepożądanych,
• interakcji z innymi lekami,
• ciąży lub karmienia piersią,
• wcześniejszych wyników mikrobiologicznych,
• obecności implantu, cewnika, ropnia lub biofilmu,
• ryzyka selekcji dalszej oporności.

Metoda dyfuzyjno-krążkowa

Jedną z metod jest badanie dyfuzyjno-krążkowe. Na podłożu pokrytym zawiesiną bakterii umieszcza się krążki zawierające określone antybiotyki. Po inkubacji mierzy się średnicę strefy zahamowania wzrostu.

Większa strefa nie oznacza automatycznie, że dany antybiotyk jest „lepszy” od pozostałych. Uzyskaną średnicę porównuje się z wartościami granicznymi określonymi osobno dla danego gatunku bakterii i konkretnego leku.

Nie można bezpośrednio porównywać stref zahamowania wzrostu powstałych wokół różnych antybiotyków.

Oznaczanie MIC

Inną metodą jest określanie minimalnego stężenia hamującego, czyli MIC. Może być ono oznaczane między innymi:

• metodą mikrorozcieńczeń w podłożu płynnym,
• za pomocą systemów automatycznych,
• za pomocą pasków z gradientem stężeń.

Jak czytać wynik badania mikrobiologicznego?

Czytanie wyniku należy rozpocząć nie od nazwy bakterii, lecz od sprawdzenia kilku podstawowych informacji:

1. Jaki materiał został pobrany?
2. Z jakiego miejsca anatomicznego pochodzi próbka?
3. Czy materiał był odpowiedniej jakości?
4. Jaką metodę zastosowano: posiew, PCR, test antygenowy czy mikroskopię?
5. Co dokładnie wyhodowano lub wykryto?
6. W jakiej ilości stwierdzono drobnoustrój?
7. Czy wyhodowano jeden gatunek, czy florę mieszaną?
8. Czy wykonano antybiogram?
9. Czy laboratorium dodało komentarz o oporności, kolonizacji, zanieczyszczeniu albo potrzebie potwierdzenia wyniku?

Dodatni posiew a dodatni wynik PCR

Dodatni posiew oznacza, że w zastosowanych warunkach hodowli uzyskano wzrost jednego lub kilku żywych drobnoustrojów.

Dodatni wynik badania molekularnego oznacza natomiast wykrycie określonego materiału genetycznego. Nie zawsze dowodzi, że mikroorganizm jest nadal żywy lub zdolny do namnażania.

Oba rodzaje badań mają odmienne zalety i ograniczenia. Posiew może umożliwić wykonanie antybiogramu, ale jest wolniejszy i nie wykrywa wszystkich mikroorganizmów. PCR może być szybki i bardzo czuły, ale zwykle obejmuje tylko drobnoustroje lub geny uwzględnione w danym panelu.

Dodatni wynik nie zawsze oznacza zakażenie

Należy odróżnić trzy podstawowe sytuacje.

Zanieczyszczenie próbki

Do próbki może przypadkowo dostać się drobnoustrój ze skóry, jamy ustnej, górnych dróg oddechowych, otoczenia albo sprzętu używanego podczas pobrania.

Przykładem jest wykrycie bakterii skóry w pojedynczej próbce krwi albo obecność licznej mikrobioty jamy ustnej w materiale opisanym jako plwocina, który w rzeczywistości składał się głównie ze śliny.

Nie każdy drobnoustrój typowy dla skóry należy jednak automatycznie uznać za zanieczyszczenie. Znaczenie zwiększa się, gdy:

• ten sam mikroorganizm został wykryty w kilku niezależnych próbkach,
• pacjent ma cewnik, implant, protezę lub sztuczną zastawkę,
• występują objawy zakażenia,
• materiał pobrano bezpośrednio z miejsca zakażenia.

Kolonizacja

Kolonizacja oznacza obecność i namnażanie się drobnoustroju na skórze, błonie śluzowej lub w określonym środowisku organizmu bez objawów, inwazji tkanek albo odpowiedzi zapalnej, które można przypisać temu mikroorganizmowi.

Nosicielstwo Staphylococcus aureus w nosie albo obecność drożdżaków Candida w jamie ustnej mogą nie wywoływać żadnych objawów.

W przewlekłych chorobach płuc granica pomiędzy kolonizacją a przewlekłym zakażeniem bywa nieostra. Drobnoustrój może być obecny bez ostrego zaostrzenia, ale jednocześnie uczestniczyć w utrzymującym się stanie zapalnym i postępie choroby. Z tego powodu w mukowiscydozie i rozstrzeniach oskrzeli często stosuje się określenia „przewlekłe zakażenie” lub „przewlekła infekcja”, a nie wyłącznie „kolonizacja”.

Znaczenie wyniku ocenia się między innymi na podstawie powtarzalności izolacji, objawów, parametrów czynnościowych płuc, badań obrazowych i wcześniejszego przebiegu choroby.

Zakażenie

Zakażenie rozpoznaje się na podstawie połączenia wyniku mikrobiologicznego z objawami i innymi danymi, takimi jak:

• gorączka,
• nasilenie kaszlu lub duszności,
• zwiększenie ilości albo zmiana wyglądu wydzieliny,
• ból, obrzęk lub ropna wydzielina z rany,
• wzrost wskaźników zapalnych,
• zmiany w badaniach obrazowych,
• pogorszenie parametrów oddechowych,
• obecność leukocytów i dominującego drobnoustroju w dobrej jakości próbce,
• powtarzalne wykrywanie tego samego patogenu,
• izolacja klinicznie istotnego drobnoustroju z materiału pochodzącego z miejsca uznawanego za prawidłowo jałowe, na przykład z krwi, płynu mózgowo-rdzeniowego, płynu stawowego lub płynu opłucnowego.

Dodatni posiew materiału pochodzącego z miejsca prawidłowo jałowego ma zwykle duże znaczenie kliniczne. Nie każdy dodatni posiew krwi oznacza jednak rzeczywistą bakteriemię. Do próbki mogą dostać się drobnoustroje ze skóry podczas pobierania. Wynik ocenia się z uwzględnieniem gatunku, liczby dodatnich zestawów, sposobu pobrania, czasu do uzyskania dodatniego sygnału oraz stanu pacjenta.

Co oznacza „brak wzrostu”?

„Brak wzrostu” oznacza, że w zastosowanych warunkach nie wyhodowano drobnoustrojów objętych badaniem.

Nie jest to równoznaczne ze stwierdzeniem, że w organizmie nie ma żadnych mikroorganizmów. Wynik może być ujemny mimo zakażenia, szczególnie gdy:

• próbkę pobrano po rozpoczęciu antybiotykoterapii,
• materiał był niewłaściwy lub było go zbyt mało,
• zakażenie wywołuje wirus,
• drobnoustrój wymaga specjalnych podłoży,
• podejrzewa się prątki, bakterie beztlenowe lub mikroorganizmy atypowe,
• patogen jest obecny okresowo albo nierównomiernie rozmieszczony w wydzielinie.

Co oznaczają „wzrost skąpy”, „umiarkowany” i „obfity”?

Są to półilościowe opisy liczby kolonii wyhodowanych z próbki. Obfity wzrost dominującego patogenu może zwiększać prawdopodobieństwo jego znaczenia klinicznego, ale nie przesądza o zakażeniu.

Skąpy wzrost również może być istotny, gdy:

• materiał pochodzi z miejsca, w którym obecność drobnoustroju jest nietypowa,
• pacjent wcześniej otrzymywał antybiotyk,
• wykryto szczególnie istotny patogen,
• pacjent ma mukowiscydozę, rozstrzenia oskrzeli, pierwotną dyskinezę rzęsek lub niedobór odporności,
• jest to pierwsza izolacja danego drobnoustroju,
• ten sam mikroorganizm pojawia się w kolejnych próbkach.

Nie istnieje jeden uniwersalny próg liczby CFU/ml potwierdzający zakażenie we wszystkich rodzajach materiału. Progi i zasady interpretacji zależą od sposobu pobrania próbki, choroby podstawowej i badanego drobnoustroju.

Co oznacza „flora mieszana”?

Określenie „flora mieszana” oznacza wzrost kilku różnych mikroorganizmów bez wyraźnej dominacji jednego patogenu.

W wymazie z gardła lub jamy ustnej może to być prawidłowy wynik. W plwocinie może wskazywać na domieszkę śliny i mikrobioty górnych dróg oddechowych. W przewlekłej ranie może odzwierciedlać złożoną kolonizację powierzchni.

Znaczenie wyniku zależy od jakości próbki i miejsca pobrania. Flora mieszana w materiale z powierzchni skóry ma inne znaczenie niż kilka drobnoustrojów wyizolowanych z prawidłowo pobranego materiału śródoperacyjnego.

„Patogen alarmowy” i „czynnik alarmowy”

W polskich przepisach stosowane jest określenie „czynnik alarmowy”. Dotyczy ono określonych drobnoustrojów, mechanizmów oporności i zakażeń istotnych z punktu widzenia nadzoru epidemiologicznego w szpitalach.

Informacja o czynniku alarmowym nie oznacza automatycznie, że pacjent znajduje się w stanie bezpośredniego zagrożenia życia. Jest to przede wszystkim klasyfikacja epidemiologiczna i organizacyjna. Wynik może wymagać:

• zgłoszenia w ramach nadzoru epidemiologicznego,
• zastosowania dodatkowych środków kontroli zakażeń,
• izolacji kontaktowej,
• wykonania badań potwierdzających,
• konsultacji mikrobiologa klinicznego lub specjalisty chorób zakaźnych.

Zgodnie z obowiązującym tekstem polskiego rozporządzenia lista czynników alarmowych obejmuje:

1. Staphylococcus aureus opornego na metycylinę, glikopeptydy lub oksazolidynony,
2. enterokoki oporne na glikopeptydy lub oksazolidynony,
3. pałeczki Gram-ujemne należące do Enterobacteriaceae wytwarzające wskazane beta-laktamazy albo oporne na karbapenemy, inne dwie grupy leków lub polimyksyny,
4. Pseudomonas aeruginosa oporną na karbapenemy, inne dwie grupy leków lub polimyksyny,
5. Acinetobacter oporne na karbapenemy, inne dwie grupy leków lub polimyksyny,
6. chorobotwórcze szczepy Clostridioides difficile oraz wytwarzane przez nie toksyny A i B,
7. Clostridium perfringens,
8. Streptococcus pneumoniae opornego na cefalosporyny III generacji lub penicylinę,
9. grzyby Candida oporne na flukonazol, inne azole lub kandyny, czyli echinokandyny,
10. grzyby z rodzaju Aspergillus,
11. rotawirusy,
12. norowirusy,
13. RSV,
14. wirus zapalenia wątroby typu B,
15. wirus zapalenia wątroby typu C,
16. HIV,
17. biologiczne czynniki chorobotwórcze wyizolowane z krwi lub płynu mózgowo-rdzeniowego, odpowiedzialne za zakażenia uogólnione lub inwazyjne.

Rozporządzenie posługuje się między innymi starszą nazwą Clostridium difficile. Aktualnie w nomenklaturze naukowej używa się nazwy Clostridioides difficile.

W rozporządzeniu występuje również określenie Enterobacteriaceae. Nie należy automatycznie zastępować go nazwą Enterobacterales bez wyjaśnienia, ponieważ Enterobacterales jest szerszym rzędem taksonomicznym, a Enterobacteriaceae jedną z należących do niego rodzin.

W przywołanej liście razem wymieniono przykłady ESBL, AmpC i KPC, ale nie są to mechanizmy należące do jednej identycznej grupy funkcjonalnej. KPC jest karbapenemazą.

Burkholderia cepacia complex, Stenotrophomonas maltophilia i Achromobacter są bardzo ważnymi drobnoustrojami u części pacjentów pulmonologicznych, szczególnie w mukowiscydozie. Nie są jednak wymienione z nazwy jako samodzielne pozycje na polskiej liście czynników alarmowych. Ich wykrycie może mimo to wymagać specjalnych zasad postępowania w ośrodku leczenia mukowiscydozy.

ESBL(-) lub ESBL(+)

ESBL to beta-laktamazy o rozszerzonym spektrum substratowym. Są to enzymy wytwarzane przez niektóre bakterie Gram-ujemne, szczególnie należące do Enterobacterales, takie jak:

• Escherichia coli,
• Klebsiella pneumoniae,
• Klebsiella oxytoca,
• Proteus mirabilis,
• niektóre gatunki Enterobacter, Citrobacter i Serratia.

Enzymy ESBL mogą unieczynniać liczne antybiotyki beta-laktamowe, w tym wiele penicylin, cefalosporyn i aztreonam.

Wynik ESBL(+) nie wskazuje jeszcze, jaki lek należy zastosować. Decydują o tym:

• pełny antybiogram,
• miejsce zakażenia,
• ciężkość choroby,
• droga podania leku,
• aktualne zalecenia terapeutyczne.

ESBL(-) oznacza, że nie wykryto badanego fenotypu lub mechanizmu ESBL. Nie oznacza to jednak, że bakteria jest wrażliwa na wszystkie antybiotyki. Może mieć inne mechanizmy oporności, na przykład:

• beta-laktamazę AmpC,
• karbapenemazę,
• zmienioną przepuszczalność błony,
• pompy usuwające lek z komórki,
• oporność na fluorochinolony,
• oporność na aminoglikozydy,
• oporność na kotrimoksazol.

Zgodnie z zasadami EUCAST sama obecność lub nieobecność ESBL nie zmienia automatycznie kategorii S, I lub R dla konkretnej cefalosporyny albo aztreonamu. Wynik należy raportować zgodnie z oznaczoną wrażliwością i aktualnymi wartościami granicznymi.

Niektóre izolaty wytwarzające ESBL mogą zostać zaklasyfikowane jako S lub I wobec określonych cefalosporyn. Informacja o ESBL ma jednak dodatkowe znaczenie epidemiologiczne i może wpływać na działania z zakresu kontroli zakażeń.

AmpC

Beta-laktamazy AmpC mogą powodować oporność na wiele penicylin i cefalosporyn.

Szczególne znaczenie kliniczne ma możliwość zwiększenia produkcji chromosomalnej AmpC podczas leczenia u takich bakterii jak:

• Enterobacter cloacae complex,
• Klebsiella aerogenes,
• Citrobacter freundii complex.

Z tego powodu lek, który początkowo wydaje się aktywny w badaniu laboratoryjnym, nie zawsze będzie właściwym wyborem klinicznym. Wynik powinien być interpretowany przez lekarza z uwzględnieniem gatunku, rodzaju zakażenia i ryzyka selekcji oporności podczas terapii.

KPC, NDM, VIM, IMP i OXA-48

Są to nazwy wybranych karbapenemaz – enzymów mogących unieczynniać karbapenemy i inne antybiotyki beta-laktamowe.

Najważniejsze grupy obejmują:

• KPC,
• metalo-beta-laktamazy, na przykład NDM, VIM i IMP,
• karbapenemazy OXA-48-podobne.

Poszczególne karbapenemazy różnią się zakresem rozkładanych antybiotyków. Metalo-beta-laktamazy NDM, VIM i IMP nie hydrolizują aztreonamu. Bakterie wytwarzające te enzymy często produkują jednak równocześnie ESBL, AmpC lub inne beta-laktamazy, które mogą unieczynniać aztreonam.

Dlatego sama obecność metalo-beta-laktamazy nie oznacza automatycznie, że cały szczep jest wrażliwy na aztreonam. W leczeniu zakażeń wywołanych przez bakterie wytwarzające MBL mogą być stosowane odpowiednio dobrane połączenia leków, które chronią aztreonam przed działaniem współistniejących beta-laktamaz.

Wykrycie karbapenemazy ma znaczenie zarówno terapeutyczne, jak i epidemiologiczne. Nie oznacza jednak automatycznie, że bakteria będzie opisana jako oporna na każdy karbapenem i każdy inny antybiotyk. Ostateczna interpretacja zależy od rodzaju enzymu, wyników oznaczenia wrażliwości i aktualnych zasad laboratoryjnych.

Jeżeli potwierdzono wytwarzanie karbapenemazy, odpowiedź kliniczna na karbapenem bez inhibitora aktywnego wobec danego enzymu może być osłabiona nawet wtedy, gdy wynik laboratoryjny wskazuje kategorię S lub I.

Szczególnie w ciężkich i złożonych zakażeniach preferowane mogą być inne aktywne leki. Jeżeli alternatywy nie są dostępne, decyzja o zastosowaniu karbapenemu wymaga uwzględnienia zwiększonej ekspozycji, rodzaju enzymu, miejsca zakażenia i ewentualnego leczenia skojarzonego.

CPE, CPO i CRE – co oznaczają te skróty?

Skróty te nie są równoważne:

• CPE – Enterobacterales wytwarzające karbapenemazy,
• CPO – szersze określenie organizmów wytwarzających karbapenemazy; może obejmować również bakterie spoza Enterobacterales, na przykład Pseudomonas aeruginosa lub Acinetobacter baumannii,
• CRE – Enterobacterales oporne na karbapenemy zgodnie z przyjętymi kryteriami laboratoryjnymi lub epidemiologicznymi.

Nie każdy szczep CRE musi wytwarzać karbapenemazę. Oporność może wynikać z połączenia innych beta-laktamaz ze zmniejszoną przepuszczalnością błony lub utratą określonych poryn.

Jednocześnie szczep wytwarzający karbapenemazę może mieć złożony fenotyp, który wymaga potwierdzenia metodą molekularną lub innym testem specjalistycznym.

MRSA, MRCNS i MRCoNS

MRSA oznacza Staphylococcus aureus opornego na metycylinę. Oporność jest najczęściej związana z obecnością genu mecA lub mecC i produkcją zmienionego białka wiążącego penicyliny.

W praktyce MRSA jest oporny na większość standardowych antybiotyków beta-laktamowych. Wyjątki mogą dotyczyć określonych leków, takich jak ceftarolina lub ceftobiprol, dla których wrażliwość ocenia się oddzielnie.

MRCNS lub MRCoNS oznacza metycylinooporne gronkowce koagulazoujemne, na przykład:

• Staphylococcus epidermidis,
• Staphylococcus haemolyticus,
• Staphylococcus hominis,
• Staphylococcus capitis.

Gronkowce koagulazoujemne są częstym składnikiem mikrobioty skóry. W wymazie powierzchniowym albo pojedynczym posiewie krwi mogą stanowić zanieczyszczenie. Mogą jednak wywoływać zakażenia:

• cewników,
• protez,
• implantów,
• zastawek,
• urządzeń wewnątrznaczyniowych.

Szczególnym wyjątkiem jest Staphylococcus lugdunensis. Choć należy do gronkowców koagulazoujemnych, może zachowywać się bardziej agresywnie niż większość tej grupy i powodować między innymi poważne zakażenia skóry, tkanek miękkich oraz zapalenie wsierdzia.

MSSA

MSSA oznacza szczep Staphylococcus aureus wrażliwy na metycylinę.

Nie oznacza to automatycznie wrażliwości na każdą penicylinę. Wrażliwość na penicylinę naturalną ocenia się oddzielnie, ponieważ wiele szczepów MSSA produkuje penicylinazę.

MSSA może być także oporny na inne grupy leków, na przykład:

• makrolidy,
• klindamycynę,
• fluorochinolony,
• tetracykliny.

Określenie MSSA odnosi się więc przede wszystkim do braku metycylinooporności, a nie do pełnej wrażliwości na wszystkie antybiotyki.

PSSP, PISP i PRSP

Skróty te odnoszą się do historycznie stosowanej klasyfikacji wrażliwości Streptococcus pneumoniae, czyli pneumokoka, na penicylinę:

• PSSP – pneumokok wrażliwy na penicylinę,
• PISP – historyczne określenie pneumokoka o pośredniej wrażliwości,
• PRSP – pneumokok oporny na penicylinę.

Terminologia ta może pojawiać się w starszych wynikach lub opracowaniach. Obecnie interpretacja wrażliwości pneumokoków zależy między innymi od:

• miejsca zakażenia,
• rodzaju antybiotyku,
• drogi podania,
• stosowanego dawkowania,
• tego, czy rozpoznano zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych.

Ten sam wynik MIC może być interpretowany inaczej w zapaleniu opon mózgowo-rdzeniowych i inaczej w zakażeniu układu oddechowego.

MLSB

MLSB jest mechanizmem oporności na makrolidy, linkozamidy i streptograminy B. Najczęściej wiąże się z modyfikacją miejsca działania antybiotyku przez enzymy kodowane przez geny z grupy erm.

Mechanizm może mieć charakter:

• konstytutywny – oporność jest stale obecna,
• indukowany – oporność na klindamycynę może ujawnić się podczas leczenia mimo pozornie korzystnego wyniku podstawowego.

Do wykrywania indukowanej oporności stosuje się między innymi test D, polegający na ocenie wpływu makrolidu na aktywność klindamycyny.

Jeżeli test wykazuje indukowaną oporność na klindamycynę, lek należy raportować jako R – oporny.

Laboratorium może dołączyć komentarz, że klindamycyna może być rozważana w wybranych, krótkotrwałych terapiach mniej ciężkich zakażeń skóry i tkanek miękkich, ponieważ w takim czasie rozwój konstytutywnej oporności jest mniej prawdopodobny. Nie zmienia to podstawowej kategorii R i nie oznacza, że pacjent może samodzielnie zdecydować o zastosowaniu leku.

VISA, VRSA i VRE

VISA jest określeniem stosowanym przede wszystkim w nomenklaturze CLSI i w nadzorze epidemiologicznym wobec szczepów Staphylococcus aureus o pośredniej wrażliwości na wankomycynę. Według kryteriów CLSI określenie to odnosi się zwykle do szczepów z MIC wankomycyny wynoszącym 4–8 mg/l.

Nie należy utożsamiać litery „I” w skrócie VISA z aktualną kategorią EUCAST „I – wrażliwy przy zwiększonej ekspozycji”.

W systemie EUCAST dla Staphylococcus aureus i wankomycyny nie ma odrębnej kategorii I. Obowiązują wartości:

• S – MIC nie większe niż 2 mg/l,
• R – MIC większe niż 2 mg/l.

EUCAST zaznacza, że izolaty z MIC równym 2 mg/l znajdują się na granicy populacji typu dzikiego, a odpowiedź kliniczna może być osłabiona. Podejrzane lub rzadkie wyniki wymagają potwierdzenia odpowiednią metodą i często przesłania szczepu do laboratorium referencyjnego.

VRSA oznacza Staphylococcus aureus opornego na wankomycynę.

VRE oznacza enterokoki oporne na wankomycynę. Najczęściej dotyczy to Enterococcus faecium, rzadziej innych gatunków.

Niektóre enterokoki, na przykład Enterococcus gallinarum i Enterococcus casseliflavus, mogą wykazywać naturalnie obniżoną wrażliwość na wankomycynę związaną z mechanizmem VanC. Interpretacja ich wyniku różni się od klasycznych zakażeń VRE wywołanych przez szczepy z mechanizmem VanA lub VanB.

Wynik VRE, VISA lub VRSA nie pozwala samodzielnie wybrać leczenia. W przypadku ciężkiego zakażenia potrzebna może być konsultacja specjalisty chorób zakaźnych lub mikrobiologa klinicznego.

Co oznaczają S, I i R w antybiogramie?

Według aktualnej terminologii EUCAST:

• S – wrażliwy przy standardowym schemacie dawkowania. Istnieje duże prawdopodobieństwo sukcesu terapeutycznego przy zastosowaniu standardowego schematu dawkowania.
• I – wrażliwy przy zwiększonej ekspozycji. Istnieje duże prawdopodobieństwo skuteczności, jeżeli zostanie osiągnięta większa ekspozycja drobnoustroju na lek.
• R – oporny. Istnieje duże prawdopodobieństwo niepowodzenia leczenia nawet przy zwiększonej ekspozycji.

Kategoria „I” nie oznacza obecnie „średnio wrażliwy”, „pośredni” ani „wynik niepewny”. Zarówno S, jak i I są kategoriami wrażliwości. Nie należy łączyć I z R jako wspólnej grupy „niewrażliwych”.

Zwiększona ekspozycja może wynikać między innymi z:

• zastosowania większej dawki,
• skrócenia odstępów między dawkami,
• wydłużenia czasu infuzji,
• wyboru właściwej drogi podania,
• naturalnego osiągania wysokiego stężenia leku w miejscu zakażenia.

Nie oznacza to, że pacjent powinien sam zwiększać dawkę. Schemat musi zostać dobrany przez lekarza z uwzględnieniem zaleceń dawkowania, masy ciała oraz czynności nerek i wątroby.

Na dzień ostatniej aktualizacji artykułu, 30 lipca 2026 roku, obowiązują tabele klinicznych wartości granicznych EUCAST w wersji 16.1. EUCAST regularnie aktualizuje wartości graniczne i reguły interpretacji, dlatego przy ocenie wyniku należy uwzględniać wersję kryteriów stosowaną przez laboratorium w dniu wykonania badania.

Czy lek oznaczony jako S zawsze zadziała?

Nie ma takiej gwarancji. Antybiogram opisuje zachowanie bakterii w standaryzowanych warunkach laboratoryjnych.

Na skuteczność leczenia wpływają również:

• penetracja leku do miejsca zakażenia,
• obecność biofilmu,
• obecność ropnia albo ciała obcego,
• konieczność drenażu lub zabiegu chirurgicznego,
• stan odporności pacjenta,
• wchłanianie leku,
• przestrzeganie schematu terapii,
• interakcje z innymi lekami,
• różnice pomiędzy bakteriami wolno żyjącymi i tworzącymi biofilm,
• współistnienie kilku drobnoustrojów.

Czy R oznacza, że organizm pacjenta uodpornił się na antybiotyk?

Nie. Oporność dotyczy drobnoustroju, a nie człowieka. To bakteria ma cechy pozwalające jej przetrwać mimo działania leku.

Pacjent nie staje się „odporny na antybiotyk”, choć niewłaściwe i zbyt częste stosowanie leków może sprzyjać selekcji opornych szczepów w jego mikrobiocie.

Co oznacza MIC?

MIC, czyli minimalne stężenie hamujące, to najmniejsze stężenie leku przeciwdrobnoustrojowego, które w określonych warunkach laboratoryjnych hamuje widoczny wzrost badanego mikroorganizmu.

MIC nie oznacza stężenia, które zabija wszystkie bakterie. Nie jest też bezpośrednią informacją o dawce, jaką powinien otrzymać pacjent.

Wartość MIC może być podawana w mg/l. Laboratorium porównuje ją z odpowiednią wartością graniczną dla:

• danego gatunku lub grupy drobnoustrojów,
• konkretnego leku,
• ustalonego dawkowania,
• niekiedy również określonego miejsca zakażenia.

Czy niższy MIC zawsze oznacza lepszy antybiotyk?

Nie. Nie należy porównywać bezpośrednio MIC różnych leków.

Przykładowo MIC wynoszący 0,5 mg/l dla jednego antybiotyku nie musi oznaczać większej aktywności niż MIC 2 mg/l dla innego. Każdy lek ma własne wartości graniczne, odmienną farmakokinetykę, toksyczność i zdolność przenikania do tkanek.

MIC należy interpretować w odniesieniu do wartości granicznej konkretnego antybiotyku, a nie jako samodzielny ranking leków.

Czy MIC pokazuje, jaka dawka jest potrzebna?

Nie można bezpośrednio przeliczyć wyniku MIC na dawkę dla pacjenta. Dawkowanie zależy od znacznie większej liczby czynników, w tym:

• farmakokinetyki leku,
• miejsca zakażenia,
• masy ciała,
• wieku,
• czynności nerek i wątroby,
• drogi podania,
• czasu infuzji.

Co oznaczają ECOFF, WT, NWT, ATU i IE?

Na bardziej szczegółowych wynikach lub w dokumentacji laboratoryjnej mogą pojawić się dodatkowe skróty.

ECOFF

ECOFF jest epidemiologiczną wartością odcięcia. Służy do oddzielenia populacji typu dzikiego od izolatów, u których można podejrzewać nabyty mechanizm oporności.

ECOFF nie jest tym samym co kliniczna wartość graniczna. Samo stwierdzenie, że szczep należy do populacji typu dzikiego, nie gwarantuje skuteczności klinicznej leku.

WT i NWT

• WT – typ dziki, bez fenotypowo wykrywalnego nabytego mechanizmu oporności na dany lek,
• NWT – typ niedziki, u którego wynik wskazuje na możliwość obecności nabytego mechanizmu oporności.

Klasyfikacja WT lub NWT służy przede wszystkim do opisu biologii i epidemiologii oporności. Nie zastępuje kategorii S, I i R.

ATU

ATU oznacza obszar niepewności technicznej. Nie jest kategorią kliniczną pacjenta. Wskazuje, że wynik znajduje się w zakresie, w którym zastosowana metoda laboratoryjna może nie pozwalać na jednoznaczną interpretację.

Laboratorium może wtedy:

• powtórzyć oznaczenie,
• zastosować inną metodę,
• oznaczyć MIC,
• dołączyć odpowiedni komentarz.

IE

IE oznacza, że nie ma wystarczających dowodów, aby uznać dany drobnoustrój lub grupę drobnoustrojów za odpowiedni cel leczenia określonym lekiem i ustalić kliniczną wartość graniczną.

IE nie oznacza automatycznie ani wrażliwości, ani oporności. W takiej sytuacji laboratorium powinno postępować zgodnie z odrębnymi zaleceniami dotyczącymi przypadków, w których nie ustalono wartości granicznych.

Co oznacza kreska „-”?

Na lokalnym wydruku laboratoryjnym kreska może oznaczać, że leku nie badano, nie raportowano albo że wynik nie ma zastosowania. Znaczenie należy sprawdzić w legendzie konkretnego laboratorium.

W oficjalnych tabelach EUCAST kreska oznacza natomiast, że dany lek jest nieodpowiedni do leczenia zakażeń wywołanych przez określony drobnoustrój lub grupę drobnoustrojów. Oznaczania wrażliwości i stosowania klinicznego należy wówczas unikać.

Jeżeli taki lek zostanie mimo wszystko uwzględniony w raporcie, zgodnie z zasadami EUCAST powinien zostać zaraportowany jako R bez wcześniejszego wykonywania oznaczenia.

Flora fizjologiczna górnych dróg oddechowych

Flora fizjologiczna, nazywana obecnie częściej mikrobiotą, obejmuje mikroorganizmy naturalnie bytujące w określonej części organizmu. Ich obecność nie oznacza choroby.

Skład mikrobioty różni się pomiędzy ludźmi i może zależeć od:

• wieku,
• diety,
• stanu uzębienia i jamy ustnej,
• palenia tytoniu,
• chorób przewlekłych,
• hospitalizacji,
• stosowania antybiotyków,
• leków wziewnych i immunosupresyjnych,
• środowiska życia.

Do często występujących składników mikrobioty jamy ustnej, gardła, nosa i skóry należą między innymi:

• paciorkowce z grupy viridans,
• Streptococcus salivarius,
• Streptococcus mitis i Streptococcus oralis,
• gronkowce koagulazoujemne,
• komensalne gatunki Neisseria,
• Corynebacterium,
• Rothia,
• Micrococcus i Kocuria,
• Gemella,
• Actinomyces,
• Veillonella,
• Prevotella,
• Fusobacterium,
• niewielkie ilości drożdżaków Candida.

Wymienione mikroorganizmy są składnikami mikrobioty wykrywanymi różnymi metodami, w tym metodami molekularnymi i hodowlą beztlenową. Nie wszystkie zostaną zidentyfikowane lub opisane w rutynowym posiewie bakteriologicznym.

Niektóre potencjalne patogeny również mogą przejściowo kolonizować zdrowego człowieka. Dotyczy to między innymi:

• Staphylococcus aureus w nosie,
• Streptococcus pneumoniae w nosogardle,
• Haemophilus influenzae,
• Moraxella catarrhalis,
• Neisseria meningitidis,
• Streptococcus pyogenes u części bezobjawowych nosicieli.

Obecność tych bakterii w wymazie z nosa lub gardła nie zawsze oznacza aktywną chorobę.

Czy dolne drogi oddechowe są jałowe?

Dawniej przyjmowano, że zdrowe dolne drogi oddechowe są całkowicie jałowe. Nowoczesne metody molekularne wykrywają jednak w zdrowych płucach niewielką i dynamicznie zmieniającą się społeczność mikroorganizmów.

Mikrobiom dolnych dróg oddechowych ma bardzo małą biomasę. Jest kształtowany między innymi przez:

• mikroaspirację wydzieliny z jamy ustnej,
• wdychanie mikroorganizmów ze środowiska,
• mechanizmy oczyszczania śluzowo-rzęskowego,
• kaszel,
• odpowiedź immunologiczną.

Przy badaniu materiału o małej biomasie szczególne znaczenie ma ryzyko zanieczyszczenia próbki i odczynników laboratoryjnych.

Nie należy utożsamiać wyników badań mikrobiomu opartych na analizie DNA z wynikiem rutynowego posiewu. Rutynowa hodowla wykrywa przede wszystkim żywe mikroorganizmy zdolne do wzrostu na zastosowanych podłożach.

Materiał pobierany podczas bronchoskopii może zostać zanieczyszczony drobnoustrojami z górnych dróg oddechowych podczas przeprowadzania bronchoskopu. Znaczenie wyniku ocenia się na podstawie rodzaju próbki, ilości drobnoustroju, obrazu mikroskopowego i sytuacji klinicznej.

Najczęstsze bakterie i inne drobnoustroje w wynikach badań układu oddechowego

Poniższe opisy odnoszą się głównie do wymazów z nosa i gardła, plwociny, aspiratu tchawiczego, wydzieliny oskrzelowej oraz BAL.

Znaczenie tego samego drobnoustroju może być zupełnie inne w moczu, krwi, płynie mózgowo-rdzeniowym albo materiale z rany.

Staphylococcus aureus – gronkowiec złocisty

Czym jest? Gronkowiec złocisty jest bakterią, która może kolonizować skórę, nos i gardło. Występuje zarówno u osób zdrowych, jak i chorych.

Co może powodować? Może odpowiadać za:

• zakażenia skóry i tkanek miękkich,
• ropnie,
• zapalenie płuc,
• zakażenia kości,
• zapalenie wsierdzia,
• zakażenia krwi,
• zakażenia implantów.

W mukowiscydozie należy do często wykrywanych patogenów dróg oddechowych.

Czy jest się o co martwić? Wynik z nosa bez objawów może oznaczać nosicielstwo. W plwocinie znaczenie zależy od objawów, ilości bakterii, wcześniejszych posiewów oraz tego, czy jest to MSSA czy MRSA.

Pierwsza izolacja MRSA u pacjenta z mukowiscydozą, PCD lub rozstrzeniami oskrzeli powinna zostać omówiona z ośrodkiem prowadzącym.

Pseudomonas aeruginosa – pałeczka ropy błękitnej

Czym jest? Jest to Gram-ujemna bakteria środowiskowa występująca między innymi w wodzie, glebie i wilgotnych miejscach. Ma zdolność tworzenia biofilmu i nabywania licznych mechanizmów oporności.

Co może powodować? Może wywoływać zakażenia:

• płuc,
• ran,
• dróg moczowych,
• ucha,
• krwi,
• związane z urządzeniami medycznymi.

Szczególne znaczenie ma u osób z:

• mukowiscydozą,
• rozstrzeniami oskrzeli,
• pierwotną dyskinezą rzęsek,
• zaawansowaną POChP,
• przeszczepionym narządem,
• wentylacją mechaniczną.

Czy jest się o co martwić? Wykrycie bakterii nie zawsze oznacza ostre zakażenie, ale u osoby z przewlekłą chorobą płuc jest wynikiem istotnym.

W mukowiscydozie pierwsza lub nowa izolacja Pseudomonas aeruginosa jest zwykle wskazaniem do szybkiej oceny możliwości leczenia eradykacyjnego.

W rozstrzeniach oskrzeli niezwiązanych z mukowiscydozą również często rozważa się eradykację nowo wykrytej bakterii, ale baza dowodowa jest słabsza niż w mukowiscydozie.

W PCD postępowanie jest ustalane indywidualnie i często opiera się na doświadczeniu ośrodka oraz danych pochodzących z leczenia rozstrzeni oskrzeli i mukowiscydozy.

Szczepy śluzowe Pseudomonas aeruginosa

Śluzowy fenotyp Pseudomonas aeruginosa wiąże się ze zwiększoną produkcją alginianu i tworzeniem otoczki sprzyjającej rozwojowi biofilmu.

Szczepy śluzowe są często spotykane w przewlekłym zakażeniu dróg oddechowych u osób z mukowiscydozą. Biofilm utrudnia eliminację bakterii przez układ odpornościowy i może zmniejszać skuteczność antybiotyków w warunkach rzeczywistych.

Wyhodowanie szczepu śluzowego:

• może wskazywać na adaptację bakterii do środowiska dróg oddechowych,
• często towarzyszy przewlekłemu zakażeniu,
• nie pozwala dokładnie określić, od jak dawna bakteria jest obecna,
• nie oznacza automatycznie oporności na wszystkie antybiotyki,
• powinno być interpretowane razem z wcześniejszymi posiewami.

W jednej próbce mogą występować równocześnie różne morfotypy Pseudomonas aeruginosa, na przykład kolonie śluzowe i nieśluzowe. Mogą one różnić się profilem wrażliwości.

Haemophilus influenzae

Czym jest? Bakteria mogąca kolonizować górne drogi oddechowe. Większość szczepów wykrywanych w przewlekłych chorobach płuc to szczepy bezotoczkowe, określane jako NTHi.

Co może powodować? Może wywoływać:

• zapalenie ucha środkowego,
• zapalenie zatok,
• zapalenie oskrzeli,
• zapalenie płuc,
• zaostrzenia POChP,
• zaostrzenia rozstrzeni oskrzeli.

Zarówno szczepy otoczkowe, jak i bezotoczkowe mogą powodować zakażenia inwazyjne, takie jak bakteriemia, sepsa, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, bakteriemiczne zapalenie płuc, zapalenie stawów lub zapalenie nagłośni. Szczepy bezotoczkowe częściej uczestniczą jednak w zakażeniach błon śluzowych i zaostrzeniach przewlekłych chorób układu oddechowego.

Czy jest się o co martwić? Niewielki wzrost w próbce zanieczyszczonej śliną może pochodzić z górnych dróg oddechowych. Obfity wzrost w dobrej jakości plwocinie podczas zaostrzenia ma większe znaczenie.

Streptococcus pneumoniae – pneumokok

Czym jest? Pneumokok może kolonizować nosogardło, szczególnie u dzieci.

Co może powodować? Jest jedną z przyczyn:

• zapalenia płuc,
• zapalenia zatok,
• zapalenia ucha środkowego,
• zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych,
• sepsy.

Czy jest się o co martwić? Wykrycie w wymazie z gardła lub nosa nie potwierdza zapalenia płuc. Większe znaczenie ma izolacja z dobrej jakości plwociny z dominacją pneumokoka, z krwi, płynu mózgowo-rdzeniowego lub płynu opłucnowego.

Moraxella catarrhalis

Czym jest? Bakteria często kolonizująca nosogardło dzieci, ale występująca także u dorosłych.

Co może powodować? Może być przyczyną:

• zapalenia ucha,
• zapalenia zatok,
• zapalenia oskrzeli,
• zapalenia płuc,
• zaostrzeń POChP.

Czy jest się o co martwić? Wynik z gardła lub nosa bez objawów może oznaczać nosicielstwo. W plwocinie podczas zaostrzenia POChP lub rozstrzeni oskrzeli może być patogenem.

Wiele szczepów produkuje beta-laktamazę, co wpływa na wybór leczenia.

Streptococcus pyogenes – paciorkowiec grupy A

Czym jest? Jest bakterią mogącą kolonizować gardło, ale częściej kojarzoną z ostrym paciorkowcowym zapaleniem gardła.

Co może powodować? Może wywołać:

• anginę paciorkowcową,
• szkarlatynę,
• zakażenia skóry,
• ropowicę,
• martwicze zapalenie powięzi,
• zakażenia inwazyjne.

Czy jest się o co martwić? Dodatni wymaz z gardła u osoby z typowymi objawami przemawia za zakażeniem. U osoby bezobjawowej może oznaczać nosicielstwo.

Klebsiella pneumoniae

Czym jest? Należy do bakterii jelitowych z rzędu Enterobacterales. Może kolonizować przewód pokarmowy i nosogardło, szczególnie u osób hospitalizowanych.

Co może powodować? Może wywoływać:

• zapalenie płuc,
• zakażenia układu moczowego,
• zakażenia jamy brzusznej,
• zakażenia ran,
• zakażenia krwi.

Czy jest się o co martwić? Znaczenie w plwocinie zależy od jakości materiału i stanu pacjenta. Szczególnej uwagi wymagają szczepy ESBL(+), oporne na karbapenemy albo wytwarzające KPC, NDM lub OXA-48-podobne.

Escherichia coli

Czym jest? Jest naturalnym składnikiem mikrobioty jelitowej, ale poza jelitem może powodować zakażenia.

Co może powodować? Najczęściej odpowiada za zakażenia:

• układu moczowego,
• jamy brzusznej,
• krwi.

Zapalenie płuc występuje rzadziej, na przykład w związku z aspiracją, ciężką chorobą, hospitalizacją lub wentylacją mechaniczną.

Czy jest się o co martwić? W plwocinie może być patogenem, ale może również odzwierciedlać kolonizację lub zanieczyszczenie. Duże znaczenie ma profil oporności, w tym ESBL i karbapenemazy.

Enterobacter cloacae complex i Klebsiella aerogenes

Czym są? Są to bakterie należące do Enterobacterales, spotykane w środowisku, przewodzie pokarmowym i warunkach szpitalnych.

Co mogą powodować? Mogą wywoływać zakażenia:

• płuc,
• dróg moczowych,
• jamy brzusznej,
• ran,
• krwi.

Czy jest się o co martwić? Gatunki te mogą wytwarzać indukowaną beta-laktamazę AmpC. Wybór antybiotyku wymaga uwzględnienia nie tylko podstawowych symboli S, I i R, lecz także ryzyka selekcji oporności podczas leczenia.

Serratia marcescens

Czym jest? To Gram-ujemna bakteria środowiskowa i oportunistyczna, związana również z zakażeniami szpitalnymi.

Co może powodować? Może wywoływać zakażenia:

• układu oddechowego,
• układu moczowego,
• krwi,
• ran,
• cewników.

Czy jest się o co martwić? W próbce z dolnych dróg oddechowych osoby hospitalizowanej może być istotnym patogenem. Wymaga interpretacji antybiogramu z uwzględnieniem naturalnych i nabytych mechanizmów oporności.

Citrobacter, Proteus i Morganella

Czym są? To bakterie związane przede wszystkim z przewodem pokarmowym i środowiskiem.

Co mogą powodować? Najczęściej wywołują zakażenia:

• układu moczowego,
• ran,
• jamy brzusznej,
• krwi.

W określonych sytuacjach mogą powodować zapalenie płuc, szczególnie u osób ciężko chorych, hospitalizowanych albo z ryzykiem aspiracji.

Czy jest się o co martwić? Ich obecność w plwocinie nie zawsze oznacza zakażenie. Wartość wyniku zwiększa dobra jakość materiału, dominujący wzrost, obecność leukocytów i zgodny obraz kliniczny.

Acinetobacter calcoaceticus–baumannii complex

Czym jest? To grupa blisko spokrewnionych bakterii Gram-ujemnych. Na wynikach laboratoryjnych mogą pojawiać się także określenia Acinetobacter baumannii complex lub Acinetobacter baumannii group.

Rutynowe systemy identyfikacji nie zawsze pozwalają dokładnie odróżnić poszczególne gatunki w obrębie kompleksu. W określonych sytuacjach potrzebne mogą być metody specjalistyczne.

Co może powodować? Bakterie te mogą odpowiadać za:

• zapalenie płuc związane z wentylacją mechaniczną,
• zakażenia krwi,
• zakażenia ran,
• zakażenia układu moczowego.

Czy jest się o co martwić? U pacjenta ambulatoryjnego pojedynczy wynik wymaga oceny klinicznej. W szpitalu, szczególnie na oddziale intensywnej terapii, może oznaczać istotne zakażenie lub kolonizację szczepem wielolekoopornym.

Burkholderia cepacia complex

Czym jest? To kompleks wielu blisko spokrewnionych gatunków bakterii środowiskowych. Identyfikacja na poziomie gatunku może wymagać metod specjalistycznych.

Co może powodować? U większości zdrowych osób bakterie te rzadko wywołują chorobę. Mają jednak szczególne znaczenie w mukowiscydozie, ponieważ mogą prowadzić do:

• przewlekłego zakażenia,
• pogorszenia funkcji płuc,
• częstszych zaostrzeń,
• u części chorych – gwałtownego przebiegu określanego jako zespół cepacia.

Czy jest się o co martwić? Pierwszy wynik wymaga szybkiego kontaktu z ośrodkiem leczenia mukowiscydozy i zazwyczaj potwierdzenia identyfikacji w doświadczonym laboratorium.

Ze względu na możliwość transmisji pomiędzy pacjentami stosuje się szczególne zasady kontroli zakażeń.

Stenotrophomonas maltophilia

Czym jest? To środowiskowa, niefermentująca pałeczka Gram-ujemna o naturalnej oporności na wiele antybiotyków.

Co może powodować? Może kolonizować drogi oddechowe, ale również powodować zakażenia płuc i krwi, szczególnie u osób:

• hospitalizowanych,
• z obniżoną odpornością,
• z przewlekłą chorobą płuc,
• otrzymujących długotrwałą antybiotykoterapię.

Czy jest się o co martwić? Znaczenie pojedynczej izolacji w mukowiscydozie lub rozstrzeniach oskrzeli nie zawsze jest jednoznaczne. Większą wagę ma powtarzalna obecność bakterii, pogorszenie kliniczne i dominujący wzrost.

Nie każdy wynik wymaga natychmiastowego leczenia.

Achromobacter spp.

Czym jest? To rodzaj środowiskowych, niefermentujących bakterii Gram-ujemnych. W wynikach może pojawić się między innymi Achromobacter xylosoxidans.

Co może powodować? Może kolonizować drogi oddechowe oraz powodować przewlekłe zakażenie, szczególnie u osób z mukowiscydozą. Może również wywoływać zakażenia krwi i zakażenia związane ze sprzętem medycznym.

Czy jest się o co martwić? Wynik należy omówić z ośrodkiem prowadzącym. Znaczenie zależy od powtarzalności izolacji, objawów i zmian funkcji płuc. Bakteria często wykazuje złożony profil oporności.

Rzadkie bakterie wykrywane głównie w przewlekłych chorobach płuc

Do rzadziej wykrywanych bakterii środowiskowych należą:

• Ralstonia,
• Pandoraea,
• Cupriavidus,
• Inquilinus.

Mogą być wykrywane przede wszystkim w materiale z dróg oddechowych pacjentów z mukowiscydozą lub ciężkimi przewlekłymi chorobami płuc.

Mogą:

• przejściowo kolonizować drogi oddechowe,
• utrzymywać się przewlekle,
• uczestniczyć w zakażeniu.

Wiedza o znaczeniu części tych drobnoustrojów jest ograniczona.

Wynik wymaga potwierdzenia prawidłowości identyfikacji, ponieważ niektóre rzadkie bakterie mogą być mylone z Burkholderia, Achromobacter lub innymi niefermentującymi pałeczkami.

Nocardia spp.

Czym jest? To środowiskowa bakteria tworząca rozgałęzione struktury przypominające strzępki grzybów. Może rosnąć wolniej niż typowe bakterie i wykazywać częściową kwasooporność.

Co może powodować? Najczęściej powoduje zakażenia płuc, ale może rozsiewać się do:

• ośrodkowego układu nerwowego,
• skóry,
• innych narządów.

Czy jest się o co martwić? Szczególne ryzyko dotyczy osób:

• leczonych immunosupresyjnie,
• po transplantacji,
• z chorobami nowotworowymi,
• z przewlekłą chorobą płuc.

Wykrycie Nocardia powinno zostać skonsultowane ze specjalistą.

Mycobacterium tuberculosis complex – prątki gruźlicy

Czym są? Są to bakterie wywołujące gruźlicę. Nie są wykrywane w standardowym posiewie bakteriologicznym plwociny.

Co mogą powodować? Najczęściej zajmują płuca, ale gruźlica może dotyczyć również:

• węzłów chłonnych,
• kości,
• układu nerwowego,
• nerek,
• innych narządów.

Czy jest się o co martwić? Wynik wskazujący na możliwość gruźlicy wymaga szybkiej oceny lekarskiej.

Dodatni preparat mikroskopowy na prątki kwasooporne nie potwierdza jeszcze gruźlicy, ponieważ nie odróżnia Mycobacterium tuberculosis complex od prątków niegruźliczych. Ujemny preparat mikroskopowy również nie wyklucza gruźlicy.

Zwalidowany szybki test molekularny wykrywający materiał genetyczny Mycobacterium tuberculosis complex może w krótkim czasie dostarczyć laboratoryjnych dowodów zakażenia i umożliwić szybkie wdrożenie właściwego postępowania.

Wynik testu molekularnego należy interpretować wraz z obrazem klinicznym i historią pacjenta. Test może wykrywać także materiał genetyczny martwych prątków, co ma szczególne znaczenie u osób wcześniej leczonych z powodu gruźlicy.

Hodowla pozostaje metodą referencyjną i jest ważna dla:

• uzyskania żywego izolatu,
• fenotypowego oznaczenia lekowrażliwości,
• pełniejszej charakterystyki szczepu,
• prowadzenia dochodzeń epidemiologicznych.

Dodatnia hodowla prątków bez określenia gatunku nie jest jeszcze równoznaczna z gruźlicą. Mikrobiologiczne potwierdzenie zakażenia Mycobacterium tuberculosis complex może zostać uzyskane metodą molekularną albo przez identyfikację prątka po uzyskaniu hodowli.

Prątki niegruźlicze – NTM

Do najważniejszych prątków niegruźliczych wykrywanych w układzie oddechowym należą:

• Mycobacterium avium complex, czyli MAC,
• Mycobacterium abscessus complex,
• Mycobacterium kansasii,
• Mycobacterium xenopi,
• Mycobacterium fortuitum,
• Mycobacterium gordonae.

Co mogą powodować? Mogą wywoływać przewlekłą chorobę płuc, szczególnie u osób z:

• rozstrzeniami oskrzeli,
• mukowiscydozą,
• POChP,
• przebytymi chorobami płuc,
• zaburzeniami odporności.

Czy jest się o co martwić? Pojedyncza dodatnia hodowla plwociny nie zawsze oznacza chorobę. NTM występują w wodzie i środowisku, dlatego możliwe są przejściowa obecność i zanieczyszczenie próbki.

Rozpoznanie choroby płuc wywołanej przez NTM wymaga połączenia:

• objawów klinicznych,
• odpowiednich zmian radiologicznych,
• wykluczenia innych przyczyn,
• spełnienia kryteriów mikrobiologicznych.

Kryteria mikrobiologiczne mogą zostać spełnione przez:

• co najmniej dwa dodatnie posiewy oddzielnie pobranych próbek plwociny, w których wykryto ten sam gatunek NTM, a w przypadku M. abscessus także odpowiedni podgatunek,
• jeden dodatni posiew popłuczyn oskrzelowych lub BAL,
• odpowiedni wynik badania histopatologicznego połączony z dodatnią hodowlą albo innym dowodem mikrobiologicznym.

Próbki plwociny powinny być pobierane w różnym czasie, zazwyczaj w odstępie co najmniej tygodnia, aby ograniczyć ryzyko interpretowania pojedynczego zanieczyszczenia środowiskowego jako choroby.

Wymaz z gardła nie jest odpowiednim materiałem do diagnostyki NTM. U osoby, która nie odkrztusza plwociny, można rozważyć indukcję plwociny lub pobranie materiału podczas bronchoskopii.

Znaczenie poszczególnych gatunków jest odmienne:

• Mycobacterium gordonae rzadko wywołuje chorobę,
• Mycobacterium kansasii jest uważany za znacznie bardziej chorobotwórczy,
• Mycobacterium abscessus complex ma szczególne znaczenie w mukowiscydozie.

Spełnienie kryteriów diagnostycznych nie oznacza automatycznie konieczności rozpoczęcia leczenia. Decyzja zależy od:

• gatunku prątka,
• nasilenia objawów,
• progresji zmian radiologicznych,
• wyniku preparatu mikroskopowego,
• ryzyka działań niepożądanych terapii,
• preferencji i możliwości pacjenta.

U części chorych właściwe może być początkowo uważne monitorowanie.

Ogólne kryteria diagnostyczne NTM są wykorzystywane również w mukowiscydozie, ale interpretacja wyników i decyzje terapeutyczne powinny uwzględniać dodatkowo zalecenia przygotowane specjalnie dla osób z CF.

Aspergillus fumigatus i inne grzyby z rodzaju Aspergillus

Czym są? Są to powszechnie występujące w środowisku grzyby pleśniowe. Ich zarodniki są regularnie wdychane wraz z powietrzem.

Co mogą powodować? Obecność Aspergillus może oznaczać różne sytuacje:

• przejściową obecność bez choroby,
• kolonizację dróg oddechowych,
• uczulenie,
• alergiczną aspergilozę oskrzelowo-płucną, czyli ABPA,
• przewlekłą aspergilozę płucną,
• grzybniaka w istniejącej jamie płucnej,
• inwazyjną aspergilozę u osoby z ciężką immunosupresją.

Czy jest się o co martwić? Sam dodatni posiew nie określa postaci choroby i nie jest automatycznym wskazaniem do leczenia.

Znaczenie zależy od:

• objawów,
• obrazu tomografii,
• stanu odporności,
• stężenia całkowitego i swoistego IgE,
• obecności swoistych przeciwciał lub antygenów,
• powtarzalności wyników.

Candida albicans, Candida glabrata i inne drożdżaki

Czym są? Drożdżaki Candida mogą naturalnie bytować w jamie ustnej, gardle, przewodzie pokarmowym i drogach rodnych.

Ich liczba może wzrastać:

• po antybiotykoterapii,
• podczas stosowania glikokortykosteroidów wziewnych,
• przy cukrzycy,
• przy suchości jamy ustnej,
• przy obniżonej odporności.

Co mogą powodować? Mogą wywoływać:

• pleśniawki jamy ustnej i gardła,
• zapalenie przełyku,
• zakażenia układu moczowego,
• zakażenia krwi,
• zakażenia narządów wewnętrznych.

Prawdziwe zapalenie płuc wywołane przez Candida jest jednak bardzo rzadkie.

Czy jest się o co martwić? Wyhodowanie Candida z plwociny, aspiratu tchawiczego, a nawet BAL najczęściej oznacza kolonizację jamy ustnej lub dróg oddechowych.

Nawet obfity wzrost Candida w wydzielinie oddechowej nie potwierdza samodzielnie grzybiczego zapalenia płuc. Nie istnieje powszechnie uznany próg liczby CFU/ml, który sam w sobie rozpoznawałby zapalenie płuc wywołane przez Candida.

Rozpoznanie inwazyjnej kandydozy płuc wymaga znacznie szerszej oceny i zwykle dowodów inwazji tkankowej.

Decyzji o leczeniu przeciwgrzybiczym nie powinno się podejmować wyłącznie na podstawie dodatniego posiewu wydzieliny oddechowej.

Scedosporium, Lomentospora prolificans i Exophiala dermatitidis

Czym są? Są to grzyby pleśniowe i drożdżakopodobne spotykane w środowisku, które mogą być wykrywane w drogach oddechowych osób z przewlekłymi chorobami płuc.

Co mogą powodować? Mogą:

• kolonizować drogi oddechowe,
• powodować przewlekłe zakażenia,
• uczestniczyć w reakcjach alergicznych,
• u osób z ciężką immunosupresją powodować zakażenia inwazyjne.

Czy jest się o co martwić? Znaczenie pojedynczej izolacji nie zawsze jest jasne. Wynik powinien być oceniony przez ośrodek pulmonologiczny lub transplantacyjny, szczególnie gdy:

• drobnoustrój jest wykrywany wielokrotnie,
• pogarsza się stan pacjenta,
• rozważana jest transplantacja płuc.

Bakterie beztlenowe

Bakterie beztlenowe, takie jak niektóre gatunki Prevotella, Fusobacterium, Veillonella lub Peptostreptococcus, są częścią mikrobioty jamy ustnej.

Mogą uczestniczyć w:

• zakażeniach związanych z aspiracją,
• ropniu płuca,
• ropniaku opłucnej,
• zakażeniach przyzębia.

Zwykły posiew plwociny nie pozwala jednak wiarygodnie odróżnić bakterii pochodzących z jamy ustnej od mikroorganizmów uczestniczących w zakażeniu płuca.

Drobnoustroje najczęściej stanowiące składnik mikrobioty lub zanieczyszczenie próbki

Określenie „nieszkodliwe drobnoustroje” byłoby zbyt kategoryczne. Mikroorganizm będący prawidłowym składnikiem mikrobioty gardła może być patogenem, gdy zostanie wyizolowany z:

• krwi,
• płynu mózgowo-rdzeniowego,
• stawu,
• zastawki serca,
• implantu,
• tkanki pobranej z zakażonego miejsca.

Paciorkowce z grupy viridans

Do tej niejednorodnej grupy należą między innymi:

• Streptococcus mitis,
• Streptococcus oralis,
• Streptococcus salivarius,
• Streptococcus sanguinis,
• Streptococcus mutans.

W gardle i jamie ustnej są zwykle składnikami prawidłowej mikrobioty. Mogą jednak powodować:

• próchnicę,
• zakażenia po zabiegach stomatologicznych,
• ropnie,
• zapalenie wsierdzia.

Ich wykrycie we krwi ma inne znaczenie niż obecność w wymazie z gardła.

Gronkowce koagulazoujemne

Staphylococcus epidermidis, S. hominis, S. capitis i inne gronkowce koagulazoujemne naturalnie występują na skórze i błonach śluzowych.

W wymazie z nosa lub powierzchni skóry zwykle nie są powodem do niepokoju. Mogą jednak odpowiadać za zakażenia:

• cewników,
• protez,
• implantów,
• sztucznych zastawek.

Powtarzalne dodatnie posiewy krwi mają inne znaczenie niż pojedyncza próbka.

Nie należy automatycznie bagatelizować Staphylococcus lugdunensis, który może wykazywać większą zjadliwość niż większość gronkowców koagulazoujemnych.

Corynebacterium spp.

Bakterie określane czasem jako maczugowce lub „difteroidy” są częstym składnikiem mikrobioty skóry i górnych dróg oddechowych.

Większość wyników z wymazu powierzchniowego ma niewielkie znaczenie. Nie wolno jednak automatycznie bagatelizować identyfikacji do konkretnego gatunku.

Toksynotwórcze szczepy Corynebacterium diphtheriae i Corynebacterium ulcerans mogą wywoływać błonicę.

Corynebacterium striatum może być patogenem oportunistycznym u osób hospitalizowanych, z urządzeniami medycznymi lub przewlekłą chorobą płuc.

Komensalne gatunki Neisseria

Do mikrobioty gardła mogą należeć między innymi:

• Neisseria subflava,
• Neisseria sicca,
• Neisseria mucosa.

Zwykle nie wymagają leczenia, choć w rzadkich okolicznościach mogą uczestniczyć w zakażeniach oportunistycznych.

Nie należy ich mylić z Neisseria meningitidis, która może kolonizować nosogardło, ale jest również przyczyną inwazyjnej choroby meningokokowej.

Rothia mucilaginosa

Jest składnikiem mikrobioty jamy ustnej i gardła. W typowym wymazie jej obecność zwykle nie ma znaczenia chorobowego.

Może jednak powodować zakażenia oportunistyczne u osób z:

• neutropenią,
• ciężką immunosupresją,
• cewnikami naczyniowymi,
• zaawansowaną chorobą płuc.

Micrococcus i Kocuria

Bakterie te występują na skórze i w środowisku. W wymazach powierzchniowych oraz pojedynczych posiewach krwi najczęściej są zanieczyszczeniem.

Rzadko mogą wywoływać zakażenia związane z cewnikami lub implantami, zwłaszcza u osób z obniżoną odpornością.

Gemella, Granulicatella i Abiotrophia

Są składnikami mikrobioty jamy ustnej. W wymazie z gardła zazwyczaj nie wymagają leczenia.

W określonych warunkach mogą powodować zapalenie wsierdzia i inne zakażenia inwazyjne. Ich wykrycie we krwi powinno być interpretowane inaczej niż obecność w materiale z jamy ustnej.

Lactobacillus

Pałeczki kwasu mlekowego są naturalnym składnikiem mikrobioty przewodu pokarmowego i dróg rodnych, a niewielkie ilości mogą pojawiać się również w jamie ustnej.

W odpowiednim materiale są zwykle składnikiem mikrobioty albo przypadkowym zanieczyszczeniem próbki. Rzadko mogą jednak powodować zakażenia oportunistyczne, szczególnie u osób ciężko chorych, z istotnymi zaburzeniami odporności lub urządzeniami wewnątrznaczyniowymi.

Cutibacterium acnes

Jest naturalnym składnikiem mikrobioty skóry. W pojedynczej próbce krwi często stanowi zanieczyszczenie podczas pobierania.

Może jednak powodować przewlekłe zakażenia:

• implantów ortopedycznych,
• urządzeń neurochirurgicznych,
• protez,
• innych ciał obcych.

Bakteria rośnie stosunkowo wolno, dlatego znaczenie wyniku zależy od liczby dodatnich próbek i okoliczności klinicznych.

Bacillus spp.

Laseczki z rodzaju Bacillus występują powszechnie w środowisku. W wymazach powierzchniowych i pojedynczych posiewach krwi często są zanieczyszczeniem.

Nie wszystkie gatunki są jednak obojętne.

Bacillus cereus może powodować:

• zatrucia pokarmowe,
• zakażenia ran,
• zakażenia krwi,
• zakażenia związane z cewnikami.

Bacillus anthracis jest czynnikiem etiologicznym wąglika.

Dlaczego na wyniku nie ma antybiogramu?

Brak antybiogramu nie musi oznaczać błędu laboratorium. Najczęstsze przyczyny to:

• wyhodowanie wyłącznie typowej mikrobioty,
• uznanie drobnoustroju za prawdopodobne zanieczyszczenie,
• brak wskazań do leczenia wykrytego mikroorganizmu,
• brak wartości granicznych dla danego połączenia gatunku i leku,
• naturalna oporność bakterii na określone leki,
• konieczność wykonania specjalistycznego badania w innym laboratorium,
• brak dostatecznego wzrostu umożliwiającego wiarygodne oznaczenie,
• wykrycie drobnoustroju metodą molekularną bez uzyskania żywej hodowli.

Dlaczego laboratorium pokazuje tylko część antybiotyków?

Laboratorium może stosować selektywne raportowanie antybiogramu. Oznacza to, że nie wszystkie wykonane oznaczenia są automatycznie widoczne na wyniku.

Celem jest między innymi:

• ograniczenie niepotrzebnego stosowania antybiotyków o bardzo szerokim spektrum,
• preferowanie leków o węższym spektrum, gdy są wystarczające,
• zmniejszenie ryzyka działań niepożądanych,
• ograniczenie selekcji oporności,
• dostosowanie wyniku do miejsca zakażenia i rekomendacji terapeutycznych.

W ciężkim zakażeniu lekarz może skontaktować się z laboratorium lub mikrobiologiem klinicznym w celu uzyskania szerszych danych.

Czy wirusy wyjdą w posiewie plwociny lub wymazie?

Standardowy posiew bakteriologiczny nie wykrywa typowych wirusów oddechowych, takich jak:

• wirus grypy,
• RSV,
• SARS-CoV-2,
• metapneumowirus,
• rinowirus,
• adenowirus,
• wirusy paragrypy.

Do ich wykrywania wykorzystuje się przede wszystkim testy antygenowe i molekularne.

Pacjent może więc mieć wyraźne objawy zakażenia dróg oddechowych mimo wyniku „brak wzrostu bakterii”.

Czy bakterie określane jako atypowe wyjdą w zwykłym posiewie?

Zwykły posiew plwociny nie wyklucza zakażenia takimi drobnoustrojami jak Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila czy Bordetella pertussis. Diagnostyka zależy jednak od konkretnego patogenu oraz czasu, który upłynął od początku objawów.

Mycoplasma pneumoniae

W diagnostyce zakażenia Mycoplasma pneumoniae preferowane są zwykle testy molekularne wykrywające kwasy nukleinowe. Hodowla jest trudna i czasochłonna, a wyniki serologiczne mają ograniczenia i powinny być interpretowane z uwzględnieniem fazy choroby.

Legionella pneumophila

W podejrzeniu legionellozy stosuje się między innymi:

• test antygenowy z moczu,
• badanie molekularne materiału z dolnych dróg oddechowych,
• hodowlę na specjalnym podłożu.

Test antygenowy z moczu wykrywa przede wszystkim Legionella pneumophila serogrupy 1. Ujemny wynik nie wyklucza zakażenia inną serogrupą lub innym gatunkiem Legionella. Dlatego w odpowiedniej sytuacji klinicznej warto jednocześnie badać materiał z dolnych dróg oddechowych.

Bordetella pertussis

W diagnostyce krztuśca zastosowanie PCR, hodowli i serologii zależy od czasu trwania kaszlu. Hodowla jest najbardziej przydatna we wczesnej fazie choroby, PCR przez dłuższy, lecz nadal ograniczony okres, a serologia może mieć znaczenie w późniejszej fazie.

Materiał należy pobierać z nosogardła przy użyciu odpowiedniego zestawu. Zwykły wymaz z gardła nie jest właściwą próbką do diagnostyki krztuśca.

Chlamydia pneumoniae

W diagnostyce zakażenia Chlamydia pneumoniae wykorzystuje się przede wszystkim metody molekularne. Wyniki badań serologicznych wymagają ostrożnej interpretacji i nie zawsze pozwalają jednoznacznie potwierdzić aktualne zakażenie.

Jak interpretować wynik u osoby z mukowiscydozą, PCD lub rozstrzeniami oskrzeli?

U osób z zaburzonym oczyszczaniem śluzowo-rzęskowym wyniki mają szczególne znaczenie. W drogach oddechowych mogą współistnieć:

• różne gatunki drobnoustrojów,
• różne warianty tego samego gatunku,
• szczepy o odmiennych profilach wrażliwości,
• bakterie tworzące biofilm.

Podczas interpretacji bierze się pod uwagę:

• czy jest to pierwsza izolacja,
• czy drobnoustrój pojawiał się wcześniej,
• jak często jest wykrywany,
• czy występuje podczas zaostrzenia,
• czy pogarsza się spirometria,
• czy zmieniła się ilość i charakter wydzieliny,
• czy prowadzono wcześniej eradykację,
• czy wykryto fenotyp śluzowy lub małe warianty kolonii,
• czy wynik może wpływać na zasady separacji pacjentów,
• czy potrzebne jest potwierdzenie w laboratorium referencyjnym.

Szczególnej uwagi wymagają między innymi:

• Pseudomonas aeruginosa,
• Burkholderia cepacia complex,
• Mycobacterium abscessus complex i inne NTM,
• MRSA,
• Achromobacter,
• Stenotrophomonas maltophilia,
• rzadkie niefermentujące pałeczki Gram-ujemne,
• powtarzalnie wykrywane grzyby pleśniowe.

W mukowiscydozie laboratorium powinno stosować odpowiednie procedury zwiększające szansę wykrycia ważnych patogenów, w tym podłoża selektywne dla Burkholderia cepacia complex.

Wymaz z gardła lub wymaz kaszlowy może być stosowany u osoby, która nie odkrztusza plwociny, ale ujemny wynik takiego badania nie wyklucza obecności patogenu w dolnych drogach oddechowych. Wymazy z gardła nie są odpowiednim materiałem do diagnostyki prątków niegruźliczych.

Kiedy natychmiast szukać pomocy medycznej?

O pilności postępowania decyduje przede wszystkim stan pacjenta, a nie sam skrót na wydruku laboratoryjnym.

Natychmiastowej pomocy medycznej wymagają między innymi:

• narastająca lub ciężka duszność,
• sinienie,
• zaburzenia świadomości,
• gwałtowne pogorszenie stanu ogólnego,
• znaczne krwioplucie,
• objawy ciężkiej sepsy lub wstrząsu,
• znaczny spadek saturacji w stosunku do typowych wartości pacjenta,
• objawy zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych.

W takich sytuacjach nie należy czekać na ostateczny wynik posiewu ani próbować samodzielnie dobierać antybiotyku.

Które wyniki należy szybko omówić z lekarzem?

Szybkiej konsultacji wymagają szczególnie:

• dodatni posiew krwi,
• dodatni wynik badania płynu mózgowo-rdzeniowego,
• wynik sugerujący gruźlicę,
• wykrycie karbapenemazy lub CPE,
• pierwsza izolacja Pseudomonas aeruginosa u osoby z mukowiscydozą, PCD lub rozstrzeniami oskrzeli,
• wykrycie Burkholderia cepacia complex,
• wykrycie Mycobacterium abscessus complex,
• wykrycie grzyba pleśniowego u osoby z ciężką immunosupresją,
• dodatni wynik połączony z gorączką, pogorszeniem oddychania lub szybkim pogorszeniem stanu,
• wykrycie drobnoustroju wielolekoopornego wymagającego specjalnych zasad kontroli zakażeń.

Samo wykrycie czynnika alarmowego lub karbapenemazy u osoby bez objawów nie oznacza automatycznie stanu nagłego. Może jednak wymagać szybkiego kontaktu z lekarzem, laboratorium lub zespołem kontroli zakażeń.

Najczęstsze pytania o wynik posiewu i antybiogramu

Czy dodatni posiew oznacza, że trzeba przyjąć antybiotyk?

Nie. Dodatni wynik może oznaczać zakażenie, kolonizację, nosicielstwo albo zanieczyszczenie próbki. Decyzja zależy od objawów, miejsca pobrania, jakości materiału i rodzaju drobnoustroju.

Czy flora fizjologiczna jest złym wynikiem?

Zazwyczaj nie. W wymazie z gardła, nosa lub jamy ustnej obecność fizjologicznej mikrobioty jest spodziewana.

Wynik może oznaczać, że nie wyhodowano dominującego patogenu bakteryjnego.

Czy „I” oznacza, że antybiotyk może nie zadziałać?

Kategoria I oznacza obecnie wrażliwość przy zwiększonej ekspozycji. Lek może być skuteczny, jeżeli zostanie zastosowany we właściwym schemacie.

Nie jest to odpowiednik kategorii R.

Czy można samodzielnie wybrać lek oznaczony jako S?

Nie. Wynik nie uwzględnia wszystkich przeciwwskazań, interakcji, dawkowania i zdolności leku do docierania do miejsca zakażenia.

Czy najniższy MIC wskazuje najlepszy antybiotyk?

Nie. Wartości MIC różnych leków nie są bezpośrednio porównywalne. Każdy wynik musi być odniesiony do wartości granicznej właściwej dla konkretnego antybiotyku i gatunku.

Czy Candida w plwocinie oznacza grzybicę płuc?

Najczęściej nie. Zazwyczaj oznacza kolonizację jamy ustnej lub dróg oddechowych, szczególnie po antybiotykoterapii.

Prawdziwe zapalenie płuc wywołane przez Candida jest bardzo rzadkie.

Czy ujemny posiew wyklucza zakażenie?

Nie. Wynik może być ujemny:

• po antybiotyku,
• przy zakażeniu wirusowym,
• przy nieprawidłowym pobraniu materiału,
• przy obecności drobnoustroju wymagającego specjalnego badania.

Czy można porównać dwa antybiogramy z różnych lat?

Można ocenić zmiany w profilach wrażliwości, ale należy zachować ostrożność.

W kolejnych próbkach mogą występować:

• inne szczepy,
• różne morfotypy tego samego gatunku,
• różne mechanizmy oporności.

Zmianom ulegają również wartości graniczne i zasady interpretacji EUCAST.

Czy brak bakterii w posiewie oznacza, że kaszel nie ma przyczyny infekcyjnej?

Nie. Przyczyną mogą być:

• wirusy,
• bakterie określane jako atypowe,
• prątki,
• grzyby niewykryte w rutynowym badaniu,
• zakażenie zlokalizowane w miejscu, z którego nie pobrano reprezentatywnego materiału.

Czy wynik „liczna flora mieszana” oznacza ciężkie zakażenie?

Nie. W plwocinie taki wynik często sugeruje znaczną domieszkę śliny i mikrobioty jamy ustnej.

Interpretacja zależy jednak od jakości materiału, obrazu mikroskopowego i sytuacji klinicznej.

Czy oporność bakterii może się zmienić?

Tak. W kolejnych próbkach mogą być wykrywane inne szczepy albo bakterie mogą nabywać nowe mechanizmy oporności.

Dlatego w przewlekłych zakażeniach nie należy bezkrytycznie opierać leczenia na bardzo starym antybiogramie.

Jak przygotować się do pobrania próbki?

Dokładne zalecenia zależą od rodzaju badania. Należy stosować instrukcje przekazane przez laboratorium lub placówkę pobierającą materiał.

Zwykle warto pamiętać, aby:

• stosować pojemnik i zestaw zalecony przez laboratorium,
• nie dotykać wnętrza pojemnika ani końcówki wymazówki,
• pobrać próbkę przed rozpoczęciem antybiotykoterapii, o ile jest to możliwe i bezpieczne,
• nie odstawiać samodzielnie antybiotyku zleconego przez lekarza,
• poinformować laboratorium o przyjmowanych lekach przeciwdrobnoustrojowych,
• dostarczyć materiał w zalecanym czasie i temperaturze,
• upewnić się, że na skierowaniu podano chorobę podstawową i istotne podejrzenia kliniczne.

W przypadku plwociny należy pobierać wydzielinę rzeczywiście odkrztuszoną z dolnych dróg oddechowych, a nie samą ślinę.

Osoby, które nie potrafią odkrztusić plwociny, mogą wymagać:

• indukcji plwociny,
• aspiratu,
• wymazu z gardła,
• wymazu kaszlowego,
• materiału pobranego podczas bronchoskopii.

Wybór metody zależy od choroby, podejrzewanego drobnoustroju i wskazań klinicznych.

Podsumowanie

Wynik badania mikrobiologicznego składa się z kilku elementów:

• rodzaju materiału,
• metody badania,
• identyfikacji drobnoustroju,
• ilości wzrostu,
• oceny wrażliwości,
• komentarzy laboratorium.

Najważniejsze zasady interpretacji są następujące:

• dodatni posiew nie zawsze oznacza zakażenie,
• dodatni PCR nie zawsze oznacza obecność żywego drobnoustroju,
• ujemny posiew nie wyklucza zakażenia,
• ten sam drobnoustrój może być składnikiem mikrobioty w jednym miejscu i groźnym patogenem w innym,
• S oznacza wrażliwość przy standardowym schemacie dawkowania,
• I oznacza wrażliwość przy zwiększonej ekspozycji,
• R oznacza duże prawdopodobieństwo niepowodzenia leczenia,
• MIC należy porównywać z wartością graniczną dla konkretnego leku i drobnoustroju,
• ESBL(-) nie oznacza wrażliwości na wszystkie antybiotyki,
• samo wykrycie ESBL nie zmienia automatycznie wszystkich wyników cefalosporyn na R,
• CRE nie jest tym samym co CPE,
• metalo-beta-laktamazy nie hydrolizują aztreonamu, ale cały szczep może być na niego oporny z powodu innych enzymów,
• litera I w skrócie VISA nie odpowiada aktualnej kategorii I stosowanej przez EUCAST,
• Candida w wydzielinie oddechowej zazwyczaj oznacza kolonizację,
• dodatni preparat na prątki kwasooporne nie potwierdza samodzielnie gruźlicy,
• szybki test molekularny może dostarczyć laboratoryjnych dowodów zakażenia Mycobacterium tuberculosis complex, ale nie zastępuje całkowicie hodowli,
• pojedynczy dodatni posiew NTM nie zawsze oznacza chorobę płuc,
• pierwsza izolacja ważnego patogenu u osoby z przewlekłą chorobą płuc powinna zostać omówiona z ośrodkiem prowadzącym.

Podstawy merytoryczne opracowania

• European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. EUCAST Clinical Breakpoint Tables for Interpretation of MICs and Zone Diameters, version 16.1, 2026.
• European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Definition of the susceptibility categories S, I and R.
• Rozporządzenie Ministra Zdrowia w sprawie listy czynników alarmowych, rejestrów zakażeń szpitalnych i czynników alarmowych – obowiązujący tekst jednolity.
• Daley C.L. i wsp. Treatment of Nontuberculous Mycobacterial Pulmonary Disease: An Official ATS/ERS/ESCMID/IDSA Clinical Practice Guideline. European Respiratory Journal, 2020.
• Infectious Diseases Society of America. Clinical Practice Guideline for the Management of Candidiasis.
• Infectious Diseases Society of America. Guidance on the Treatment of Antimicrobial-Resistant Gram-Negative Infections.
• Centers for Disease Control and Prevention. Xpert MTB/RIF Assay – laboratory diagnosis of tuberculosis.
• Centers for Disease Control and Prevention. Vancomycin-Intermediate and Vancomycin-Resistant Staphylococcus aureus.
• Centers for Disease Control and Prevention. Haemophilus influenzae invasive disease – surveillance and clinical information.
• Cystic Fibrosis Trust. Laboratory Standards for Processing Microbiological Samples from People with Cystic Fibrosis.
• Cystic Fibrosis Foundation oraz European Cystic Fibrosis Society. Consensus recommendations for the management of nontuberculous mycobacteria in individuals with cystic fibrosis.

fot. Adobe